Para a primeira pergunta, use
:%normal gqq
Isso executará gqq em cada linha individualmente.
Não sei a resposta para a segunda pergunta, mas pode ser o resultado de um comando automático acionado pelo sufixo .txt que altera 'formatoptions' ou 'comments' sem definir 'filetype' . Você pode executar
:verbose set fo? com?
para ver onde essas opções foram definidas por último. Algumas distribuições GNU / Linux colocam seus próprios comandos de configuração do Vim em / etc / vimrc ou / usr / share / vim / vimrc.