Eu usei o PowerFolder quando a versão gratuita não tinha limitações, mas agora você precisa pagar US $ 60 para gerenciar mais de 1GB de armazenamento.
Eu dei uma olhada e encontrei o CrashPlan que permite sincronizar arquivos entre seus próprios computadores e dispositivos de armazenamento de graça. Ele também usa compactação e deltas para minimizar a transferência de dados, portanto, se você sincronizar os dois computadores primeiro, ele deverá ser rápido e indolor depois disso. Eu acho que até faz versionamento de arquivos, se é algo que você procura.
Fico feliz por você ter feito a pergunta - isso me deu uma desculpa para dar outra olhada nessas soluções.