o mbr é o primeiro 512 bytes do dispositivo. verificando 'man dd' você vai encontrar, que você pode usar 'skip = BLOCKS' para pular alguns bytes no início da entrada:
% dd if=IN_DEVICE ibs=512 skip=1 of=OUT_DEVICE
mas em geral eu não acho que seja uma boa idéia, se você 'quer apenas os dados' ... porque você copia apenas parte do sistema de arquivos, etc. por que você não copia os dados do sistema de arquivos para o sistema de arquivos?