Normalmente, o BIOS permite que você configure vários arrays RAID e esses arrays são apresentados como drives de disco comum (IDE) para o sistema - o bootloader de configuração do Windows os vê facilmente e permite a instalação. Claro que você precisa de drivers de fabricante no disquete para instalação (F6).
Eu pessoalmente prefiro ter uma partição do sistema em uma unidade normal (não-RAID), mas eu vi (ajudei a instalar) muitas configurações com apenas placa-mãe RAID0 (ou RAID1).
O que eu não recomendo é ter o sistema operacional instalado em uma única unidade, depois adicionar a matriz RAID e instalar o segundo SO para RAID e depois remover a unidade única. Desta forma, o bootloader pode permanecer em uma única unidade e o RAID não poderá inicializar sozinho.
Para evitar essa situação, remova a unidade única antes de instalar no RAID - para copiar dados antigos, você pode adicioná-la novamente.