Resposta curta = sim, você terá que configurá-los.
Cada comutador deve saber para onde encaminhar quadros Ethernet. Isso é feito com a configuração de troncos 802.1q. Um tronco pode transportar várias vlans simultaneamente. Cada comutador envolvido na comutação de VLAN precisa ser configurado com entroncamento nas portas voltadas para outros comutadores com reconhecimento de VLAN. Você marca cada vlan no tronco. Além disso, todos os switches envolvidos precisam ser definidos para a mesma vlan nativa. (Normalmente vlan1 é o padrão)
Nota: a maioria dos dispositivos clientes não está ciente do vlan e não precisa de marcação no nível da porta. E do jeito que você tem isso fisicamente configurado, muito provavelmente você vai estar "encaminhando em uma vara". O que significa que você vai precisar de um tronco indo para o seu roteador, interfaces virtuais configuradas no roteador. E regras de tráfego no dispositivo da camada 3. (roteador)