Posso sugerir que você acesse o Centro de Software Ubuntu (ou Synaptic Package Manager se preferir), procure por VLC e desinstale-o completamente? Em seguida, reinstale-o. Isso levará menos de cinco minutos e será mais fácil do que editar os arquivos de configuração do VLC.
Se você não desinstalar / reinstalar o VLC, abra uma janela de emulação de terminal, faça
rm ~/.config/vlc/vlcrc
e feche a janela.
Em seguida, reabra o VLC.