Eu corri exatamente esta configuração com o sistema de arquivos XFS, e estou feliz com isso. Numerosas comparações de diferentes sistemas de arquivos para Linux podem ser encontradas na Net, mas eu pessoalmente gosto de baixa utilização da CPU durante a cópia ou exclusão de grande número de arquivos.
Não tenho certeza se a velocidade de transferência com o XFS será muito melhor do que com o NTFS - 25 MB / s é um limite típico para alguns controladores USB