Se o que você está alternando entre os computadores é simplesmente um teclado e um mouse, o que você provavelmente verá é um switch KVM. Alternativamente, se houver outros dispositivos USB, existem chaves USB relativamente baratas.
Voltando ao seu caso específico, a comutação de USB via relés deve funcionar como está, mas há duas coisas em que posso pensar que precisam ser analisadas. No entanto, esteja ciente das seguintes ressalvas:
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A desmontagem de um cabo USB envolve a desmontagem da blindagem, o que, por sua vez, pode tornar o equipamento suscetível a ruídos. Desenrole o mínimo de blindagem possível e experimente com e sem conectar a blindagem no lado do computador do relé (se estiver conectado até o fim, você pode ter um efeito de antena quando a blindagem tiver imperfeições, e é por isso que muitos equipamentos só tem a blindagem conectada em uma extremidade).
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Alguns dispositivos precisam seguir seu próprio ciclo de inicialização, o que, por sua vez, permite que ele se comunique e se identifique com o dispositivo host. Pode ser que um dispositivo já ligado, quando alternado continuamente para um computador diferente, considere que o host já deve saber sobre ele e, portanto, não tenta se identificar com o host como o host esperaria. Experimente adicionar um pequeno atraso entre os dois hosts, ou seja, em vez de se conectar perfeitamente entre os computadores host, há uma etapa intermediária em que não está conectado a nada e não recebe energia. Eu sei que alguns discos rígidos em particular são bastante irritantes com sequências de inicialização e alguns podem realmente ter dificuldades se não conseguirem energia ANTES de ter seus datapins conectados.
Não consigo pensar em mais nada do topo da minha cabeça, pelo menos não sem saber com que tipo de dispositivos você está lidando. +1 para o esforço de bricolagem.