Você mencionou que esses arquivos vazios têm os mesmos nomes de algumas pastas ausentes. Eu experimentei esse problema no passado também.
Existem várias soluções possíveis, embora não sejam muito promissoras:
Outros processos em execução na rede
Como sugerido nos comentários, pode haver scanners de vírus ou outros programas que criam esses arquivos, se eles não estiverem lá. Pode ser muito difícil isolar o que outra máquina em sua rede está conectando e gravando esses arquivos.
Você indicou que é capaz de conectar a unidade a outro computador. Se você conseguir colocar a unidade em uma máquina não conectada à rede, isso certamente ajudará a diagnosticar se é um problema com o disco físico ou se os arquivos são provenientes de outra máquina na rede.
Clusters corrompidos no disco
Quando você tem arquivos que
- parecem ser excluídos, mas reaparecem imediatamente
- apresenta um erro desagradável quando o diretório pai é excluído
- tem o mesmo nome que um diretório excluído
isso geralmente significa que existem alguns clusters corrompidos no disco físico. Isso parece um pouco plausível no seu caso, já que o software de backup estava sendo desenvolvido e esse disco pode ter sido bastante afetado.
A melhor solução é executar chkdsk para corrigir as áreas danificadas. Isso provavelmente exigirá que você faça login localmente na máquina em que a unidade de rede está sendo armazenada. Dependendo do tamanho do disco, esse processo pode levar muitas horas e a unidade ficará indisponível durante esse período.
O disco físico precisa ser reformatado
Isso pode ser improvável no seu caso, mas também é uma possibilidade. Como você pode conectar o disco com problema a outro computador, pode valer a pena copiar todos os arquivos / diretórios para um segundo disco limpo - tendo o cuidado de ignorar os arquivos com problemas.
Depois disso, tente colocar o disco limpo de volta onde o disco do problema costumava estar. Se o problema desaparecer, pronto! Se o problema persistir, isso parece indicar que os arquivos estão vindo de um processo em execução ou em algum outro lugar da rede.