Isso depende muito do programa que você faz para criar imagens em seu disco rígido e de quais opções você especifica.
A maioria dos programas que usei copia uma única partição separadamente, em vez de todo o disco rígido; mas é simples copiar & faça o backup da partição extra e da partição do sistema.
Alguns podem ter a opção de fazer backup de um disco rígido inteiro de cada vez. É claro que, para partições em discos rígidos separados, a resposta ainda é, Não, mas você também pode fazer backup deles separadamente.