Você pode editar os próprios arquivos torrent usando edição de transmissão . Supostamente, transmission-edit -a udp://tracker my.torrent
deve funcionar.
Se você já adicionou o arquivo torrent à transmissão, pode usar transmissão remota para atualizar isso, por exemplo transmission-remote -n 'user:pass --torrent 10 --tracker-add 'udp://tracker.url:1337/announce'