Eu encontrei este problema no Linux com o Emacs 24.3.1
Eventualmente, notei que eu tinha um arquivo .emacs-places que era 12MB. Eu deletei o arquivo e agora o Emacs sai imediatamente. Eu suspeito que o Emacs estava tentando fazer alguma atualização para o arquivo no desligamento, mas o arquivo ficou longo o suficiente para que o Emacs ficasse preso analisando e atualizando o arquivo.
Parece que .emacs-places é usado pelo saveplace, que armazena sua posição em um arquivo, para que, quando você reabrir o arquivo, o cursor seja posicionado no mesmo ponto em que você estava quando fechou o arquivo. Talvez depois de um tempo esse arquivo fique cheio e consuma tempo para atualizar? Vou ficar de olho nele e desabilitar o saveplace se esse parece ser o problema.