Tente o seguinte:
find . -type f -printf "%h\n%f\n" | xargs -L 2 tar -rf /tmp/files.tar -C
ou alguma variação dependendo das suas necessidades. Deve-se considerar a segurança ao executar este comando. E se você estiver disposto a ter "./" antes do nome do arquivo, o seguinte pode ser um pouco mais seguro:
find -type f -execdir tar -rf /tmp/files.tar {} \;
ou
find -type f -execdir tar -rf /tmp/files.tar {} +