A resposta curta é NÃO, não há doces grátis.
Obviamente, o motivo pelo qual chkdsk é executado tão rápido é porque ele não verifica se há setores defeituosos por padrão. Você tem que executá-lo com /r para procurar setores defeituosos, e nesse ponto ele também ficará lento.
Quanto à diferença entre badblocks e chkdsk , o primeiro é uma ferramenta dedicada que descobre setores defeituosos, enquanto o segundo é um utilitário de verificação de disco de propósito geral fornecido com o Windows, que por acaso tem o recurso de recuperação de setor defeituoso.