Em um projeto ativo, usamos o git para fazer o controle de distribuição e versão. Alguns dos arquivos são PDF e funcionam muito bem. Como já foi dito, não há como deltas.
Uma possibilidade, no entanto, que pode funcionar com deltas, seria exportar os comentários, que saem como FDF, e depois fazer o controle de versão com esses arquivos de exportação. O FDF pode, se os comentários não forem muito grandes, ser arquivos de texto simples; você teria que executar testes, no entanto.