Para configurar o terminal padrão no gnome você precisa instalar o dconf-tools
( sudo apt-get install dconf-tools
).
Depois disso, você pode usar o gsettings
para definir seu emulador de terminal favorito.
Digamos que seu emulador de terminal favorito seja termite
.
Instale-o com sudo apt-get install termite
Depois disso, digite este comando
gsettings set org.gnome.desktop.default-applications.terminal exec termite
Como termite
não aceita nenhum argumento (ou depende do que você faz com ele, você pode defini-los desta forma) use isto para definir vazio ou defina os exec-args para o terminal que você precisa
gsettings set org.gnome.desktop.default-applications.terminal exec-arg ""
Após esse termite
será seu emulador de terminal padrão.