Uma solução um tanto manual:
- use
pandocpara converter o arquivo de remarcação para um documento do MS Word (*.docx) ou documento do OpenOffice / LibreOffice Writer (*.odt) - abra esse documento no LibreOffice 1
- selecione tudo ( ctrl + a )
- Menu Ferramentas > Contagem de palavras
1 O OpenOffice provavelmente funcionaria da mesma forma, mas eu não testei isso.