Você não informou qual sistema operacional está usando, portanto, assumirei o Windows 7, pois esse é atualmente o sistema operacional mais comum em uso.
O Windows 7 tem bibliotecas. Basta adicionar todas as pastas aplicáveis a uma única biblioteca. Então, quando você quiser copiar todos os arquivos, basta copiar o conteúdo dessa biblioteca.
Você pode criar quantas bibliotecas precisar.