Não, você não está correto .
A remoção de gnome-core
não irá quebrar o seu sistema.
gnome-core é de fato um meta-pacote , dê uma olhada neste URL para informações adicionais sobre o pacote gnome-core: link
Informações sobre meta-pacotes : link
Você pode desinstalar com segurança o Empathy e o pacote meta do gnome-core.
milo