Qual versão do Ubuntu você está executando? As portas em fim de vida têm seus repositórios renomeados. Eu encontrei uma discussão aqui que explica a solução:
1) Faça o backup de /etc/apt/sources.list
2) Supondo que você use Raring (13.04), substitua o conteúdo com o seguinte:
deb link principal universo multiverso restrito
deb-src link raring principal universo restrito multiversodeb link raring-security main universo multiverso restrito
deb-src link universo principal da segurança de raring multiverso restritodeb link raring-updates main universo multiverso restrito
deb-src link universo principal do raring-updates multiverso restritodeb link raring-backports main universo restrito multiverse
deb-src link raring-backports main universo restrito multiversodeb link principal proposto pela raring universo restrito multiverse
deb-src link principal restrito proposto para raring universo multiverso
3) Execute apt-get update
e ele deve estar funcionando novamente.
Trabalhei para mim, espero que ajude.