Pode valer a pena investigar problemas individuais antes de considerar uma reinstalação. Minha impressão dos três problemas que você listou é que eles são problemas que são e devem ser resolvidos sem uma reinstalação do sistema operacional.
Se você realmente quiser informações sobre uma instalação limpa, sinta-se à vontade para pular para a seção após a linha (começando com "Como reinstalar").
Desculpas se as seguintes informações não forem úteis para você.
Você pode querer tentar reinstalar o XCode e descobrir se precisa importar determinados Frameworks para seus projetos de programação. A maioria dos problemas que eu conheço com cabeçalhos e tal estão relacionados à instalação do XCode e não ao sistema operacional, uma vez que o XCode.app da App Store contém não apenas o aplicativo, mas também os SDKs da plataforma Mac (é um pouco mais pesado que o anterior / localização do desenvolvedor, mas resolve problemas com a distribuição na App Store). E observe que o XCode 4 descartou o MacOSX10.6.sdk, portanto, quaisquer projetos que dependam dele precisam ser modificados para usar os SDKs mais recentes. Estou assumindo que você não fez algo estranho como remover / System / Library / Frameworks.
Se você estiver falando de aplicativos excluídos e excluídos que ainda estão aparecendo no Launchpad, se você tentar iniciá-los, ele deverá se transformar em um ponto de interrogação se nenhum outro aplicativo com esse nome existir e depois oferecer a exclusão. você clica e segura, mesmo que não seja um aplicativo da App Store. Você também pode tentar atualizar as entradas do Launchpad . Este parece ser um problema para todas as instalações do Mac OS X. Eu coloquei a pasta Applications como um Stack in Dock como um resquício do pré-Launchpad, e normalmente lanço aplicativos específicos com o Spotlight (command + space), e não estou ciente de nenhum problema com aplicativos da lixeira reaparecendo na pasta Applications ou no Spotlight.
Quanto à reinstalação, esta postagem no fórum (especificamente após o número 4) sugere que uma reinstalação não será toque na partição do Bootcamp. Segure Command-R antes do logotipo da Apple aparecer na inicialização ou segure a opção na inicialização e selecione a partição de recuperação. Se isso não funcionar, você pode procurar uma maneira de forçar a App Store a baixar novamente o instalador do Mountain Lion e usá-lo.
Eu usei a partição de Recuperação para reinstalar o Lion e não é necessário que eu reinstale o Windows. Mas isso foi um re-upgrade em vez de uma instalação limpa de reformatação (acho que estava tendo um problema com o Keyboard & Character Viewer). Eu não fiz uma instalação limpa de verdade desde que comprei meu Mac em 2010, apesar de usá-lo para desenvolvimento e instalação de software como os pacotes Virtualbox e Macports. Ainda assim, essa é apenas a minha experiência com ela e pode não corresponder à sua experiência.
Como sempre, faça backup de seus dados de ambas as partições, apenas no caso. Se algo der errado, a partição de recuperação deve ser capaz de restaurar sua partição Mac a partir de um backup completo.