Você provavelmente não conseguirá maximizar esse equipamento no lado da CPU para um único vídeo, porque os codificadores de vídeo não são paralelos embaraçosos (ou seja, podem ser dimensionados para o maior número de encadeamentos que você tem). Você seria capaz de maximizar isso com certeza se você tivesse alguns processos simultâneos acontecendo.
Infelizmente, não há muito o que fazer para que um único fluxo de vídeo seja codificado usando muitos segmentos de CPU, sem projetar um codec especificamente para funcionar dessa maneira. Não tenho certeza de nenhuma mão.
Você já pensou em usar uma GPU de algum tipo - processador Intel QSV, ou talvez OpenCL em uma placa Radeon ou GeForce - para fazer codificação acelerada por GPU? Nos meus testes com uma Radeon HD7970 e Sony Vegas Pro no Windows 8, leva 15 minutos para codificar um vídeo com a assistência Radeon, contra 90 minutos com a CPU Core i7 3770K (sem usar QSV).
Além disso, você pode querer ler este documento informativo sobre encadeamento em x264. Descubra qual versão você está usando (encadeamento baseado em quadro ou baseado em fatia) e pondere os prós e contras, conforme detalhado nesse arquivo.