As partições realmente não importam no que diz respeito ao aspecto da proteção de dados, mas pode tornar mais fácil encontrar o que você deseja durante a recuperação.
No que diz respeito ao armazenamento dos backups, recomendo que você armazene os backups em algum lugar que não seja outra partição no HDD, porque se o HDD falhar, será extremamente difícil recuperar qualquer coisa.
Como você está usando o Acronis, recomendo fazer dois backups (supondo que você tenha espaço).
Primeiro, faça backup apenas dos seus dados. Isso torna os dados portáteis e acessíveis de qualquer máquina.
Segundo, faça uma cópia completa da imagem da unidade em sua totalidade, e quando você fizer isso, qualquer opção mantida para a assinatura NT é selecionada (versões diferentes do acronis têm isso em lugares diferentes). Imaging um sistema Windows 8 pode ser difícil devido à natureza do UEFI e secureboot. Se você tiver uma cópia de toda a unidade com a assinatura NT intacta, ela deve fazer a imagem de volta para seu laptop com facilidade. Ao fazer isso, você pode usar compactação mais alta para minimizar o espaço ocupado pelo backup.
Eu não posso enfatizar que sem a assinatura do NT intacta você terá um tempo extremamente difícil para recuperar o sistema operacional. Aprendi isso ao projetar um sistema de geração de imagens de rede para implantar o Windows 8 em notebooks recondicionados.