Veja este artigo - link abaixo. Talvez você encontre a solução daí.
Existe algum ferramentas para varredura de vulnerabilidades de injeção de SQL enquanto logado?
Esta postagem Security.StackExchange.com diz que há uma opção para testar a injeção de SQL em cookies
--cookie=COOKIE {HTTP Cookie header}
Você só precisa colar seu cookie, onde ele diz HTTP Cookie header
Há também uma lista de todas as opções do sqlmap