Parece que o README.md
em seu diretório de trabalho tem permissões de execução do usuário definidas, mas não no índice, daí a diferença relatada.
Experimente e veja se isso ajuda:
git config core.filemode false
Por exemplo, recriou algo que se parece com sua situação, e aqui está o que recebo (com as duas configurações de core.filemode
):
$ git config core.filemode true
$ git diff foo.txt
diff --git a/foo.txt b/foo.txt
old mode 100644
new mode 100755
$ ls -l foo.txt
-rwx------+ 1 david Domain Users 0 Jul 2 12:40 foo.txt*
$ git config core.filemode false
$ git diff foo.txt
$
Atenção, estou usando versões diferentes do Cygwin e do Git:
$ which git; git --version; uname -a
/usr/bin/git
git version 1.7.9
CYGWIN_NT-6.1-WOW64 XXXXXX 1.7.30(0.272/5/3) 2014-05-23 10:36 i686 Cygwin