Eu experimentei isso em duas distribuições diferentes. A solução foi, como sugerido acima, mas encontrada experimentalmente, para alternar para o módulo "Saída de áudio ALSA" com o dispositivo "Saída padrão ALSA (atualmente, Servidor de Som PulseAudio)". Isso funcionou para ambos. Ele não altera nenhuma funcionalidade, já que o ALSA é roteado através do Pulse mesmo assim.
Note que você pode precisar reiniciar o VLC depois de trocar o módulo de saída e o dispositivo e certificar-se de que não haja nenhuma instância persistente (reinicialize para garantir). Caso contrário, é fácil pensar que não funcionou.