Claro que é possível (assumindo que não há criptografia de unidade), mas não conheço ninguém tentando fazer isso funcionar.
Instalar uma aplicação não é nada especial. É a ofuscação do usuário que faz com que pareça mágico.
Basicamente, o que precisa ser feito:
- Capture todas as gravações de arquivos
- Capture todas as alterações do Registro
O Linux pode ler uma gravação em NTFS, para que você possa capturar todas as criações de arquivos e copiá-las manualmente nos locais de gravação da unidade do Windows, provavelmente em C:\Program Files\ApplicationFolder\ e talvez em outras como C:\Users\Public\Desktop\ e C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs
Uma vez que todos os arquivos estão no lugar, você só precisa dizer ao Windows o que ele faz, onde está instalado e modificar todas as coisas divertidas.
Você precisa adicionar uma string de desinstalação em Adicionar programas remover (eu detalhei alguns de que aqui )
Mas para fazer isso, você precisa carregar a seção para a máquina. Alguns utilitários baseados em Linux já podem fazer isso (discos de redefinição de senha, por exemplo). Você precisaria expandir essa funcionalidade para muitas novas chaves.
Possíveis chaves que você pode precisar adicionar:
- extensões: o que fazer com um novo tipo de arquivo
- Variáveis de caminho
- Variáveis ambientais
Não há uma única abordagem para instalar um aplicativo e quais arquivos de chaves de registro ele pode tocar, portanto, cada instalação teria que ser capturada e convertida de forma independente para fazer o que você deseja.
TL; DR
É possível, mas não há nada no mercado que faça isso. Não seria uma tarefa simples fazer isso de forma confiável.