A pseudo-transparência de conky é obtida repintando a parte do papel de parede que é coberta por conky. Portanto, o conky não pode mostrar ícones da área de trabalho por trás dele.
Observe que o conky é uma janela normal sem borda e barra de título.
Você pode, no entanto, fazer uma captura de tela da sua Área de Trabalho sem conky e usá-la como papel de parede para ver os ícones da área de trabalho por trás do conky, mas não poderá clicar neles.