Hoje tive o mesmo problema do navegador IE9 descrito por Peter, mas em um PC Win7 / 64 normalmente funcional (não é uma reconstrução do Win7 descrita por Peter). Pensando sobre o que era comum aos sites que eu não conseguia, plugins vieram à mente, particularmente o Flash: eu desinstalei e reinstalei o Flash e o Shockwave, que têm atualizações recentes, e que corrigiram o problema permitindo navegar em vários sites (EG BBC.com) com a caixa "Enable Protected Mode" marcada como deveria ser.
Se importa, não sei, mas fiz a reinstalação na conta do usuário do domínio, digitando o domínio admin u / p quando solicitado.
Eu também não isolei se foi Flash, Shockwave ou ambos, que causaram o problema inicial.