Acho que o uso duplo de sudo
é o culpado. Consegui que seus comandos funcionassem bem sem eles.
Teste sudo -s
para abrir um novo shell e execute os comandos por conta própria.
sudo -s
grep -lr --include=*.php "eval(base64_decode" /home/user/webdir | xargs sed -i.bak 's/<?php eval(base64_decode[^;]*;/<?php\n/g'
Nota: Eu achei que o seu \n
não saiu corretamente. Double backslash e você deve ficar bem.