set t_Co=256
permite ao Vim usar 256 cores em terminais que suportam isso (acho que a maioria deles). Sem esse comando, o Vim mostrará apenas 8 ou 16 cores diferentes.
Se você carregar um esquema de cores que tenha apenas 256 cores (ou tenha sido feito para isso), ele parecerá desativado ou não será exibido corretamente se t_Co
não estiver definido como 256.