Uma fonte comum de tais problemas é várias instâncias em execução do Apache. As alterações de configuração são selecionadas por um processo que você (re) inicia, mas a solicitação é atendida por um processo antigo que está sendo executado com a configuração antiga.
Pare o serviço:
service apache2 stop
Verifique se o site ainda está acessível. Se sim, então você identificou a causa.
Agora corra
ps aux | grep apache
Ele fornecerá a lista de processos em execução do apache2 e seus PIDs. Mate todos eles (Note, este comando também pode retornar processos não relacionados com o Apache em seu nome / usuário, etc., como o Apache Tomcat, você pode não querer matá-los.)
kill <pid>
Execute o comando ps aux novamente e garanta que os processos não estejam mais sendo executados.
Verifique novamente se o site está acessível. Não deveria ser.
Agora inicie o serviço do apache
service apache2 start
Verifique se o novo certificado está sendo veiculado.
Se você não quer matar processos, você pode reiniciar o sistema. Isso terá o mesmo efeito.