Tente instalar o indicador de frequência da cpu:
sudo apt-get install indicator-cpufreq
Isto irá instalar um ícone no appmenu, aqui você pode clicar e alternar sua CPU para configurações mais conservadoras; veja se isso ajuda.
Ou você pode experimentar o Psensor do Ubuntu Software Center.
Se não houver melhorias, talvez confira este recurso:
Por exemplo, "Indicador-Tempo" é problemático porque grava constantemente em um arquivo de log, impedindo que a unidade fique totalmente ociosa no modo de economia de energia, causando aquecimento, acionando ventiladores, etc. Isso é mencionado na pesquisa. Tente encontrar aplicativos que façam isso e os desinstale.