Você poderia montar cada contêiner de TC e, em seguida, usar robocopy , uma ferramenta de linha de comando integrada, para copiar os arquivos alterados. Use o interruptor de linha de comando / MIR para criar uma cópia idêntica, incluindo a exclusão de arquivos no destino que foram excluídos da fonte.
Em um arquivo bacth, você pode montar os dois volumes TrueCrypt e usar o robocopy para transferir os arquivos alterados.
rem mount source as s:, target at t:
TrueCrypt.exe /v e:\source.tc /ls /q /c
TrueCrypt.exe /v f:\target.tc /lt /q /c
rem copy the files
robocopy.exe s:\ t:\ * /mir
rem dismount TC volumes
TrueCrypt.exe /d s:
TrueCrypt.exe /d t: