Eu suponho que a questão é onde você precisa deste criptografado e quais protocolos você pode usar . Você também gostaria de adicionar o que os oses estão em jogo aqui.
Você provavelmente poderia juntar algo com o EFS (com certificados para os clientes que têm permissão para usá-los) e compartilhamento de arquivos do Windows ou 'webfolders' que é sua implementação do webdav - a Microsoft tem algumas sugestões aqui no specificidades
O Serverfault tem algumas questões relacionadas ao mesmo tópico - AD e IPSEC é sugerido aqui e ipsec, efs e bitlocker são mostrados aqui .
Se for linux, considere os compartilhamentos sshfs, sftp ou scp. Eles podem ser montados facilmente e fornecem criptografia de ponta a ponta.