Uma possível explicação é que a opção 'defaults' foi alterada para usar 'noauto' em sua partição ntfs. (Existe um tunefs para NTFS?)
Outra explicação (mais provável) é com a ordem de inicialização e o tempo de inicialização: o módulo para a pilha USB talvez possa ser carregado após as montagens de tempo de inicialização fstab serem tentadas; ou o dispositivo USB não responde rápido o suficiente para o kernel, então a inicialização continua antes de estar pronta.
Não há resolução nesta discussão vinculada, mas veja: link - movendo a montagem para rc. local pode ajudá-lo. (Além de especificar um atraso em rc.local.) Considerando que o RasPi não é o navio mais rápido no lago, eu gostaria de ser um problema de tempo.