O GDM (versão 2, não tenho certeza sobre 3) lê somente /etc/profile , ~/.profile , /etc/xprofile e ~/.xprofile . Tudo é executado com sh .
Uma possível solução é usar ~/.xprofile e obtê-lo do seu ~/.zprofile se você não quiser duplicar o material em vários arquivos. Lembre-se de que ~/.xprofile é proveniente de sh , portanto você não pode usar nenhuma sintaxe zsh ou comandos nele.