Acho que sua melhor aposta seria provavelmente o Kofax Capture, embora você também precise do módulo de extração de texto manuscrito para KTM (Kofax Transormation Modules).
O Kofax Capture irá realizar um OCR de texto completo do seu documento, e tem muitas opções que podem ajudar no que você está tentando fazer - no entanto, há limitações para o que o KC pode extrair sem adicionar KTM na mistura. Nenhum deles é particularmente barato! Sem ver seus documentos, não posso ter 100% de certeza de que a extração será prática para o seu cenário.
Você pode entrar em contato com seu parceiro local da Kofax e perguntar sobre uma licença de avaliação. No entanto, para obter o melhor do software, você também precisará de alguma consultoria (algumas partes da configuração não são tão intuitivas!).
DISCLOSURE:
I Work for a Kofax Partner, and hold both KC8 and KTM4 certifications.
The above suggestion is made by me personally, not on behalf of or by my
employer and does not reflect any formal endorsement of these products for
Your intended purpose by my employer.