Excluir o SystemConfiguration perderá todos os dados de configuração da sua rede. Todas as configurações que você personalizou no painel "Rede" das Preferências do Sistema desaparecerão e você voltará ao estado inicial de ter um único local chamado "Automático" com algumas configurações padrão razoáveis.
Portanto, antes de excluir a pasta SystemConfiguration, acesse o painel "Rede" nas Preferências do Sistema e procure as configurações personalizadas. Assim, você poderá decidir se não se importa em perder essas coisas.
E você sempre pode simplesmente mover a pasta SystemConfiguration para outro local e permitir que o sistema a recrie automaticamente, e assim, se você perder uma configuração valiosa, poderá procurar os arquivos XML .plist na cópia movida da pasta para localizar as informações que você precisa recriar.