Essa é uma parte intrínseca do protocolo BT, pois divide todos os dados dos arquivos concatenados em partes e não respeita os limites dos arquivos. Assim, pedaços no início / final dos arquivos selecionados "vazam" para os arquivos vizinhos.
O que você PODE fazer é excluir automaticamente os arquivos incompletos ao remover o item do cliente. Ou seja, para o rTorrent, usando rtcontrol --purge .