Parece que essa parte da saída scriptnames
é relevante:
12: /home/tom/.vim/plugin/Light.vim
13: /home/tom/.vim/plugin/codeburn.vim
14: /home/tom/.vim/colors/Light.vim
15: /home/tom/.vim/autoload/csapprox.vim
16: /home/tom/.vim/plugin/coffee.vim
17: /home/tom/.vim/plugin/color_sample_pack.vim
18: /home/tom/.vim/plugin/ir_black.vim
19: /home/tom/.vim/colors/coffee.vim
Parece que você tem alguns esquemas de cores no diretório do seu plugin (Light.vim, codeburn.vim, ...). Tente movê-los para um local temporário e veja como isso ajuda.