Você precisará criar um arquivo de configuração para o udev.
Execute gksu gedit /etc/udev/rules.d/hidden-partition.rules
e cole o seguinte conteúdo:
#sould be placed into /etc/udev/rules.d/
ACTION!="add|change", GOTO="hide_partitions_end"
SUBSYSTEM!="block", GOTO="hide_partitions_end"
KERNEL=="loop*|ram*", GOTO="hide_partitions_end"
################################################## ############################
#Hide sda6
KERNEL=="sda6", ENV{UDISKS_PRESENTATION_HIDE}="1"
################################################## ############################
LABEL="hide_partitions_end"
A partição de inicialização deve desaparecer após a reinicialização.
PS: O método tem funcionado bem para mim por esconder uma partição do Windows. Eu não tenho uma partição de inicialização para testar, mas espero que funcione também.