Eu não sei a resposta, mas eu acho que levaria aproximadamente a mesma quantidade de tempo. Você estaria realizando a mesma quantidade de busca, leitura e escrita. É só a escrita seria para um disco diferente na primeira passagem. A única coisa que eu acho que pode ser uma melhoria é que se o disco original não tiver quase nenhum espaço sobrando, uma desfragmentação não teria o espaço ideal para executar.