Sim, existem esses dois relógios. O RTC (também conhecido como CMOS Clock / Hardware Clock) como você se referiu, e o System Clock (também conhecido como Kernel Clock, Software Clock) cujo valor é salvo na configuração do SO. Este relógio do sistema é baseado em Interrupções do Temporizador.
E, como é óbvio, estes dois podem ter um deslocamento fracionário devido ao qual eles se desviarão e o sistema operacional tem várias estratégias para lidar com o desvio do cronômetro. Uma das maneiras modernas comuns de manter os dois sincronizados usando um Servidor de horário como time.windows.com com base no Protocolo Network Time .