Estes são o mesmo formato. Minha empresa, a Design Science, faz o Equation Editor que vem com o Microsoft Office no Mac e no Windows desde 1991, aproximadamente. O MathType é a versão sofisticada do Equation Editor com muitos mais recursos, incluindo o recurso de entrada do TeX que você mencionou. Seu editor deve ser incentivado a mencionar que aceita as equações MathType e Equation Editor como a maioria dos editores. Eu suspeito que eles foram recebendo documentos contendo equações MathType e lidar com eles muito bem o tempo todo.
A propósito, a próxima versão do MathType terá compatibilidade com o Mac Office 2011, que será lançado no final deste mês. Como você deve saber, a Microsoft deixou de fora o suporte do Visual Basic for Applications (VBA) no Office 2008, mas eles o estão trazendo de volta nessa nova versão. Isso significa que o MathType terá mais comandos como no Office 2004. Em particular, você poderá inserir novas equações sem passar pelo processo Insert Object.