Isso seria puramente teoria, uma vez que eu nunca tentei eu mesmo, mas que sobre como configurar um arquivo de auto-config (.pac) de proxy para iOS que você tenha armazenado em seu sistema de arquivos local. E então você pode fazer referência a esse arquivo por meio das Configurações no seu iOS.
Eu desenterrei este link antigo que detalha como fazer isso se o arquivo .pac estiver armazenado em um local compartilhado na rede, mas ele poderia ser facilmente modificado para apontar para um arquivo local.