A diferença entre o Gnome Classic e o Gnome Classic (sem efeitos) é que o primeiro executa o Compiz. Parece que o Compiz tem um plug-in do Unity, que, se ativado, trará o painel e a barra de menu que está incomodando você. Veja este link que encontrei nos fóruns do Ubuntu. O cartaz utilizou o CCSM para desativar o plug-in. Eu não sei se essa é a melhor maneira (CCSM não tem uma grande reputação, para dizer o mínimo). Você pode pesquisar neste site alternativas para usar o CCSM.