DeltaCopy é um rsync wrapper para windows. Ainda não usei, mas o rsync é um método padrão de sincronização de arquivos no mundo Unix. Ele é capaz de sincronizar discos rígidos inteiros, recupera-se facilmente de problemas de conexão porque pode continuar de onde parou em uma sincronização. Ele pode comparar e copiar arquivos inteiros ou enviar apenas as diferenças de bits entre os arquivos. Você também pode encapsular o rsync sobre o ssh para usar com segurança pela Internet ou usá-lo entre compartilhamentos de rede ou entre discos rígidos ou diretórios locais.
Meu uso seria ao longo das linhas de:
rsync -avz dirA dirB
rsync -avz dirB dirA
onde "-avz" especifica copiar no modo 'arquivo' (recursivo, etc), v = detalhado, z = usar compactação para a transferência (útil se em uma rede) e os diretórios são origem e destino respectivamente. A troca no segundo comando oferece uma sincronização bidirecional.
Outra ferramenta similar a unix que eu acredito ter uma versão do windows é Unison , que é especificamente criada para lidar com Sincronizações bidirecionais e tridirecionais, além de opções de resolução de conflitos, caso o mesmo arquivo seja alterado em vários lugares.
A opção final que uso para backups leves no Windows é SyncToy , um download gratuito da Microsoft que permite definir pares de pastas e pré-formatar sincronizações de uma ou duas vias. É baseado em diretório e não possui as funções de cópia de rede dos dois programas anteriores.
Todos são gratuitos.