Ligue para a Microsoft e pague por uma segunda licença para a segunda ativação.
Melhor ainda, não ative a mesma instalação no Fusion. O Windows vê um hardware completamente diferente quando inicializado como uma máquina virtual do que quando inicializado em um bare metal (por exemplo, via BootCamp), portanto pode fazer alterações em sua instalação que exigirão "correção" quando você tentar inicializar diretamente.
O ideal é que você queira executar instalações separadas do Win7 no Fusion e BootCamp - obviamente, isso ocupará espaço adicional em disco.