Inicialize o Ubuntu a partir do LiveCD (ou uma chave USB) e execute gparted . No canto superior direito, você pode selecionar seu disco rígido. Quando selecionado, você pode clicar com o botão direito do mouse na partição e escolher redimensionar.
O eCryptfs criptografa arquivos individuais e não a partição inteira. Assim, pode redimensionar com segurança a partição como desejar. Lembre-se de que você deve ter backups de suas coisas!